Он родился 4 января 1933 года во Владикавказе (тогда Орджоникидзе). В миру носил имя Ираклий Гудушаури-Шиолашвили. В 1952 году окончил среднюю школу и поступил в Московскую духовную семинарию, которую окончил в 1956 году, а на следующий год был рукоположен в монахи в 1957 году и получил имя Илия. После окончания академии переехал в Грузию и был назначен клириком кафедрального собора города Батуми. В 1969 году возведен в сан митрополита, а 23 декабря 1977 года он был избран Католикосом-Патриархом всея Грузии.
В патриаршество Илии произошло масштабное возрождение православия в Грузии в 1980-е годы. Начиная с 1989 года неоднократно действовал как посредник между враждующими политическими сторонами. Несмотря на начало вооружённого конфликта, называл абхазов и осетин братьями. Известен многочисленными публичными проповедями и выступлениями. Патриарх Илия II является самым многодетным крёстным отцом в мире. По состоянию на июль 2024 года у него насчитывается более 47 тысяч крёстных детей, рождённых третьими и последующими в грузинских семьях, где родители были венчаны в церкви. Первое массовое крещение детей состоялось в 2008 году и продолжается ежегодно по нынешнее время. В связи со слабым здоровьем и невозможностью полностью выполнять обязанности предстоятеля церкви в 2017 году зачитал указ о назначении митрополита Сенакского и Чхороцкуйского Шио патриаршим местоблюстителем, делегировав ему частично свои полномочия. По различным сообщениям, в данный момент серьёзно болен и слаб физически.
В новогодние дни Патриархия выложила традиционное обращение, которое специалисты назвали сфальсифицированным. Позднее, глава службы общественных связей Патриархии, архимандрит Джагмаидзе, подтвердил, что новогоднее видеопоздравление, распространённое на странице Патриархии, было отредактировано и смонтировано из прошлых выступлений, поэтому его удалили из социальных сетей.
Несмотря на всевозможные споры или обсуждения вокруг церкви и Патриарха, по всем социологическим опросам (как властей, так и оппозиции) Илия II остаётся самым почитаемым и уважаемым человеком в Грузии. Ему доверяют около 70-80% опрошенных.
