Недавно усопший Илия II завещал, что хочет быть предан земле именно в этой церкви. Он будет похоронен слева от алтаря. Храм имеет огромную значимость как для грузинской православной церкив, так и в целом для города. Что самое главное, там хранится главная реликвия Грузии — крест Святой Нины.
Сиони стоит на своем месте чуть ли не с момента основания Тбилиси. Точных сведений про даты нет, но скорее всего, строительство началось во времена Вахтанга Горгасали, царствовавшего в V веке. Длилось оно довольно долго, более ста лет.
Как и столица, храм сильно пострадал от нашествия захватчиков. В 1226 году по приказу султана Хорезма снесли купол церкви и поставили туда его трон, с которого он наблюдал за казнями верующих, отказавшихся осквернять святынь. Разграбления и разбои происходили и от рук Тамерлана, и от шахов Тахсампа и Аббаса.
За это время зданию был нанесен серьезный ущерб. В 1657 году его восстановил Архиепископ Тбилисский Элисе Сагинашвили, но всего через 11 лет произошло землетрясение. Этим всё не закончилось, но в последний раз храм разграбили и сожгли в 1795, в ходе вторжения персидских войск. На несколько десятилетий в Сиони прекратили богослужение, оно возобновилось только в 1867, после реконструкции 1851-55 годов. Самые последние работы проводились в 1978-79, 1983 и 2001-03 годах.
Там же похоронены восемь священнослужителей, служивших Грузии в качестве Католикос-Патриарха. Все — после первого восстановления Грузинской православной церковью автокефалии (независимости): Кирион II (Садзаглишвили), Леонид (Окропиридзе), Амвросий (Хелая), Христофор III (Цицкишвили), Каллистрат Цинцадзе, Мелхиседек III (Пхаладзе), Ефрем II (Сидамонидзе), Давид VI (Девдариани).
