Новый век начался новой Ирано-Турецкой войной. В 1603 году турки вторглись в Картли и захватили Тбилиси. Царя Симона вывезли пленником в Стамбул. Новый царь Кахетии – Александр Второй, пытался договориться с Москвой о защите, но попытки русских дипломатов в Иране заступиться за него вызвали гнев шаха. Иран отобрал у Кахетии юго-восточные земли Саингило, которые заселил тюркскими кочевниками. В 1605 году лояльный Ирану сын Александра – Константин-хан, убил отца и брата, безнадежно ожидавших военной помощи из Москвы. Тела их он похоронил в соборе Аллаверды. Константин принял ислам в надежде править Ширваном, но был убит в последовавшей смуте.
В 1606 году иранский шах Аббас-хан отбил у турок Картли, где посадил на трон царя Луарсаба Второго, а в Кахетии Теймураза Первого. По просьбе иранцев, Луарсаб вторгся в Самцхе, но был разбит и чуть было не пленен отрядами крымских татар в Османской армии. Во второй раз, при поддержке Тбилисского губернатора, гениального полководца Георгия Саакадзе, а также огнестрельного оружия, ему удалось захватить Самцхе вплоть до крепости Ахалцихе. В благодарность, иранский шах убрал из Тбилиси свой гарнизон, а Луарсаб женился на сестре Саакадзе Макрине.
Георгий Саакадзе был правителем провинции Тбилиси (моурави) и выступал за единую централизованную власть в Грузии с развитой экономикой. За его спиной стояла дворянская партия «зависимых мужчин» – князья долин Арагви, Ксани и Багратион-Мухранские, которые считали правильной политику проведения современных реформ. Однако, у них были серьезные противники из числа дворян, не желавших перемен и считавших Саакадзе выскочкой. Главным среди них был Шадиман Бараташвили. Он убедил царя Луарсаба в том, что Саакадзе ставленник иранского шаха, который метит на царскую власть в Грузии.
В 1612 году Луарсаб устроил засаду Саакадзе на княжеской охоте в Коджори, но его успел предупредить друг Баака Херхеулидзе. Саакадзе с семьей бежал в Иран при поддержке Арагвинского князя Зураба, который был его тестем. Царь Луарсаб развелся с его сестрой. Через два года шах Аббас вторгся в Грузию с целью ее полного подчинения и ликвидации. Аббас разграбил Кахетию, захватил ее столицу Греми, переделал главный собор Аллаверды в мечеть и угнал в Иран почти 30 тысяч человек. За пару лет Кахетия лишилась 2\3 населения, на ее полях пасли баранов тюркские кочевники. Картли спасло от разорения то, что Луарсаб сдал страну шаху и сбежал в Кутаиси, где все свободные грузинские цари объединились, чтобы дать отпор захватчикам. Аббас отделил часть земель Кахетии, которые отдал мусульманским ханствами и Картли. Новым марионеточным царем Восточной Грузии стал Теймураз.
Аббас не решился вторгнуться в Западную Грузию из-за войны с Османской империей, поскольку боялся открывать южный тыл. Но и грузинские союзники не смогли выступить против него, поскольку турки ввели блокаду со стороны Черного моря, которая усложнялась казачьими набегами с моря. Имерети голодала. В Картли же шах назначил своим представителем Георгия Саакадзе, которому удалось убедить его не уничтожать Кахетию полностью и прекратить зверства над местным населением.
В 1618 году наступил новый мир между Ираном и Турцией на прежних условиях. Через два года Теймураз вновь попытался просить московские власти помочь ему и это вызвало гнев мстительного и параноидального шаха Аббаса. Он вызвал в Иран сыновей Теймураза, которых казнил. Его мать Кетеван, которая фактически управляла политикой Кахетии, была зверски замучена за отказ принять ислам. Шах больше не доверял и Саакадзе, который вынужден был отдать сына Паату в заложники, вместе с женой Зураба Арагвинского, породнившегося с Теймуразом.
В 1625 году шах Аббас вновь вторгся в Кахетию, когда между Ираном и Турцией разразилась очередная война. На этот раз в его планы входило полное переселение кахетинцев в Иран и заселение страны тюркскими кочевниками. Саакадзе, и другие грузинские чиновники должны были умереть, но они узнали об этом решении раньше. Георгий Саакадзе, при всеобщей поддержке, начал тайно готовить армию сопротивления, хотя сам пока выдавал себя за лояльного шаху чиновника. Он убедил иранского генерала разделить войска и в битве при Марткопи иранцы оказались разгромлены единой армией Восточной Грузии. Теймураз не верил в победу и в день битвы ждал корабль в Стамбул из крепости Гонио. Ему вернули власть и вновь короновали царем единой Картли и Кахетии, освобожденной от иранцев, за исключением маленького гарнизона в Тбилиси.
Шах Аббас пришел в бешенство. Он казнил своих генералов и сына Саакадзе Паату. Через 3 месяца иранцы вновь вторглись в Грузию. Их войска вёл генерал Хосров-мирза, который позже был назначен Ираном царем Картли под именем Ростом. Георгий Саакадзе хотел встретить врага в ущелье, но зазнавшийся царь Теймураз решил по-своему. В битве при Марабде грузинское войско проиграло, но потери с обеих сторон были настолько кошмарными, что иранцам не удалось воспользоваться победой. В этой битве полегли братья Херхеулидзе, признанные святыми в Грузии. Георгий Саакадзе начал многомесячную изнурительную партизанскую войну. Иранцы подкупили грузинских дворян при посредничестве Бараташвили, получившего чин губернатора Нижней Картли и Тбилиси, и назначили царем Симон-хана. Битвы при Марткопи и Марабде привели к потере Ираном 2\3 боеспособной армии и шах Аббас вынужден был навсегда отказаться от идеи переселения кахетинцев. Так, Георгий Саакадзе спас грузинский народ от полного переселения и уничтожения.
Георгия Саакадзе поддержал царь Самцхе Манучар Третий, османский вассал. Георгий устраивал из его земель партизанские вылазки и отправил сына Иорама на переговоры с султаном в Стамбул, которые не принесли результата. В 1626 году Георгий Саакадзе собрал всех оставшихся свободных князей в Кутаиси, также, как до этого делал изгнанный царь Симон, у которого его отец был казначеем. Он предложил им идею объединения Грузии под властью единого имеретинского царя Александра и проведение современных реформ, которые должны были сделать Грузию государством новой модерновой эпохи. Но в этот раз ничего не вышло – цари поругались друг с другом из-за своих жен, вовлеченных в сложную сеть династических браков. Кроме того, абхазские князья постоянно нападали на Мингрелию из-за объявленной ими Дадиани кровной мести, так что местным царям пришлось построить стену в 60 километров с башнями вдоль абхазской границы.
Тогда Георгий отправился на помощь к царю Теймуразу, с которым освободил Картли и Кахетию, но напряжение между ними стало невыносимым. Саакадзе отправился в Самцхе, откуда при поддержке части союзников из Западной и Южной Грузии отправился на битву с Теймуразом. Плохая погода помешала союзникам добраться до места сбора вовремя, и Георгий Саакадзе проиграл в битве при озере Базалети. Грузия, находившаяся в одном шаге от превращения в современную ее эпохе империю, потеряла свой исторический шанс на объединение. Саакадзе бежал в Турцию, где во второй раз принял ислам и занял пост паши большой провинции Конья. Его выдающиеся качества вызывали ревность османских пашей, а неискреннее отношение к исламу, их негодование. Когда Османская империя решила захватить у Ирана Ближний Восток в 1628 году, Георгий Саакадзе оказался в числе тех многих османских чиновников, которые выступили против немотивированных зверств по отношению к шиитскому населению Турции со стороны главного визиря Топала Реджеп-паши. За это визирь казнил его в Алеппо в числе других чиновников, вместе с 40 соратниками и сыном Автандилом. Выжила лишь дочь Саакадзе Анна, которая похоронена в Эрзуруме и сын Иорам, который спустя 10 лет вернулся из Стамбула в Грузию, где основал новый род Тархан-Моуравовых. Впрочем, предавший Саакадзе Зураб Арагвинский, в 1630 году был также предательски убит завистливым Теймуразом.
Вскоре, иранские власти изгнали Теймураза в Кахетию, а править на его место поставили незаконнорожденного Ростома, первого постоянного царя-мусульманина Грузии. Жителей княжества Самцхе турки массово обращали в ислам при поддержке царской ветки Джакели в лице Сафар-паши, живших в крепости Хертвиси, а мингрельский князь Леван Дадиани обратился в католичество, безуспешно пытаясь найти поддержку у Папы Римского. Теймураз в 1650 годы безрезультатно ездил в Москву за поддержкой в составе делегаций с Кавказа. После возвращения в Имерети он был схвачен во время нападения иранцев на замок Сканда и увезен в крепостную тюрьму Астрабад в Иране. Там он умер в 1666 году, оставив после себя театральные постановки о мученичестве Кетеван. Ростом передал бразды правления Картли Вахтангу Пятому Мухранбатони, известному под именем Шахнаваз или Просветитель. Он был первым из Багратион-Мухранских на царском престоле. Его жена Мариам собрала документы в исторический труд «Жизнь Грузии».
В 1650-е годы иранцы вновь начали заселять Кахетию тюркскими кочевниками. Кахетинцы восстали и уничтожили иранскую крепость в Бахтриони, ныне то место известно, как Гацкветила. Сын Вахтанга, Арчил Второй, также принял ислам и управлял Кахетией, восстанавливая города, развивая культуру и театр. Он основал в Москве первую грузинскую колонию. Ему пришлось постоянно сражаться с горцами Пшави и Тушети, не признававшими его власть, поэтому Арчил перенес столицу в Телави, подальше от гор. За связи с Россией иранские власти в 1666 году свергли Арчила, который бежал в Имерети, где неудачно попытался захватить престол.
В Картли, после смерти Вахтанга-Шахнаваза, к власти пришел его сын Георгий Одиннадцатый, он же Шахнаваз Второй. За свое недолгое правление он успел подчинить осетинские племена долины Ксани и поощрить поэта Султана Саба-Орбелиани написать один из лучших толковых словарей грузинского языка. Иранцы свергли Георгия и поставили управлять царством Ираклия Первого, внука Теймураза. Георгий не сдавался и еще какое-то время боролся за власть, даже перехватив престол ненадолго в 1690-е годы. Ирония судьбы в том, что оба эти конкурента, спустя два десятка лет, скончались далеко от своей родины. Георгий в Афганистане в иранских войсках, Ираклий в Иране заложником. Начинался новый переломный век, в котором у Грузии появился призрачный шанс на свободу.
